Diagnosis of iridovirus in large yellow croaker by PCR   总被引：1，自引：0，他引：1  

Chen Xinhu  Wang Xiaowen  Wu Wenzhong 《海洋学报(英文版)》2003,22(4):635-642

A rapid and sensitive PCR-based method for the detection of the large yellow croaker iridovirus(LYCIV) is described,which involves the amplification of a 295 bp fragment of the LYCIV ATPase gene from DNA isolated from naturally infected fish spleen.Sequencing of LYCIV ATPase gene fragment showed it shared 100% nucleotide sequence homology with the corresponding region of the ATPase gene of red sea bream iridovirus(RSIV) and sea bass iridovirus(SBIV),suggesting that LYCIV was homologous with RSIV and SBIV at least in part of the gemone.The specificity and sensitivity of the PCR procedure were tested on the iridovirus-infected fishes,the expected fragment was detected from spleen DNA samples of infected fishes,whereas no fragments were amplified from healthy fish spleen DNA,white spot syndrome baculoviruses(WSBV) DNA and pseudorabies virus(PRV) DNA.Detection limit of this method was 10^-7 ng positive plasmid DNA containing target sequence,equal to about 100 virions.In the infected experiment,first positive detection(1/4) appeared at Day 3 post-infection,all fish(4/4) tested positive at Day 7,however obvious symptoms were observed at Day 8,so LYCIV infection could be detected prior to the appearance of obvious symptoms.These results indicate that this PCR method could be used for early,rapid and specific detection of LYCIV infection.  相似文献   

耳鲍(Haliotis asinina)核糖体小亚基(18S rRNA)编码基因的克隆与序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1       下载免费PDF全文

黄勃  方再光  刘均玲  周智  王小兵 《海洋与湖沼》2007,38(3):212-216

采用分子生物学的方法,对南海不同海区的两个地理群体耳鲍(Haliotis asinina)18S rRNA基因全长进行了克隆和序列分析,并将耳鲍18S rRNA基因的序列与NCBI数据库中已收录鲍的18SrRNA基因进行了比较。结果发现,南海耳鲍核糖体18S rRNA基因与耳鲍H.asinina isolate H11核糖体18S rRNA基因序列的相同率高达98%;同一地理群体内耳鲍核糖体18S rRNA基因序列完全一致;不同地理群体间耳鲍核糖体18S rRNA基因在碱基组成上的相似率为99%,仅在某些位点处发生了碱基替换,即腺嘌呤(T)被鸟嘌呤(G)替换;同时,将这两个不同群体中耳鲍的18S rRNA基因与泰国耳鲍18S rRNA基因序列进行比较分析发现,它们之间也只是发生了碱基替换。  相似文献   

中国花鲈细胞色素b基因片段的序列研究(英文)     

高天翔  张秀梅  陈大刚  张美昭  任一平  张亚平 《中国海洋大学学报(自然科学版)》2001,31(2)

参考鳗鲡等鱼类线粒体 DNA序列进行了中国花鲈线粒体 DNA细胞色素 b基因片断的引物设计、PCR扩增及其序列测定。得到中国花鲈的碱基序列为 4 10 bp,其 A、T、G、C含量分别为 10 1bp(2 4 .6 3% )、112 bp(2 7.32 % )、72 bp(17.56 % )、12 5bp(30 .4 9% ) ,与鳗鲡等其他鱼类相同基因片断序列碱基含量相似。  相似文献   

3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究   总被引：15，自引：0，他引：15  

陈丽梅  孔晓瑜  喻子牛  于珊珊  徐晖 《海洋科学》2005,29(8):27-32

对3种蛏类大竹蛏（Solen grandis），长竹蛏（Solen strictus）和小刀蛏（Cultellus attenuatus）的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究。得到的序列总长度分别为472-481bp（16S）和658bp（COI）。3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A＋T比例（16SrRNA基因62．1％；COI基因62．8％）。对位排序比较表明，16SrRNA片段种内个体间变异较小，3种类间存在128个碱基变异位点（其中包括127个简约信息位点）和5个插入／缺失位点，总共12个碱基长；COI片段有200个碱基存在变异，其中包括191个简约信息位点，不存在任何插入／缺失位点。数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0．0856和0．1712，两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0．3054，0．2798和0．2662，0．2933。作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平，结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点。3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性，证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。  相似文献   

最小弧菌热不稳定型溶血素基因克隆与序列分析     

李涛  吴后波 《台湾海峡》2006,25(3):324-329

根据已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素（heat-labile hemolysin）基因核苷酸序列，设计和合成一对特异性引物，以最小弧菌96-6-3的基因组DNA为模板，PCR扩增得到热不稳定型溶血素基因片段，克隆到质粒载体pMD-18T中进行测序和分析．其结果表明扩增的热不稳定型溶血素基因片段与已发表的最小弧菌热不稳定型溶血素的同源性高达98％，扩增片段编码由446个氨基酸组成的多肽，推测分子量为50200．软件分析表明编码的氨基酸有较高的抗原性，可作为基因工程疫苗的候选基因片段．  相似文献   

转“全鱼”溶菌酶基因大菱鲆的研究   总被引：7，自引：0，他引：7  

纪伟  张培军 《海洋科学》2004,28(5):8-14

用大西洋条鳕(Macrozoarces americanus)抗冻蛋白启动子opAFP promoter和牙鲆(Paralichthys olivaceus)c型溶菌酶基因构建“全鱼”溶菌酶基因元件opAFP—ly，首次应用电脉冲精子介导法将该基因片段导入到大菱鲆(Scophthalmus maximus)受精卵内，获得原代转基因大菱鲆。先后采用单因子方法和正交实验方法，重复实验确定了最适导入条件：脉冲电压为400V／cm，脉冲次数为5，脉冲宽度为25ms，外源DNA浓度为50mg/L。利用最适导入条件，实现基因元件大规模转移。采用PCR技术对1月龄的原代转基因大菱鲆仔鱼的染色体DNA进行分析，结果表明外源基因的整合率可达28％。  相似文献   

天津市地下水开采对地面沉降影响的多元回归分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

马锋  杨发俊  陈润桥  李亚平 《中国地质灾害与防治学报》2008,19(2):63-66

地下水的过量开采是天津市引起地面沉降的主要原因。因此天津市提出了“压缩地下水开采量”、“地下水人工回灌”、“调整地下水开采层次”等控制地面沉降的3大技术措施。经过多年的努力,控制地面沉降效果明显。如何解决地下水开发与控制地面沉降的关系,更好的贯彻这3大技术措施,是该文编写的初衷。即在开采同样地下水量的情况下,如何使地面沉降量最小;或在地面沉降量容许的情况下,如何开采最大量的地下水。压缩地下水开采量是治理地面沉降的根本措施,亦即如何压缩采水量或调整开采层次会达到最好效果。论文对天津市某区各个地下水开采层的多年累计开采量、累计沉降量进行数据统计分析,建立了该地区累计沉降量及各个地下水开采层的多元相关方程。在此基础上,分析了各个地下水开采层对地面沉降影响的相关程度。以此为该区控制地面沉降的提供依据。  相似文献   

Urban stormwater thermal gene expression models for protection of sensitive receiving streams          下载免费PDF全文

A.M.A. Sattar  B. Gharabaghi  F. Sabouri  A.M. Thompson 《水文研究》2017,31(13):2330-2348

Thermal impact of typical high‐density residential, industrial, and commercial land uses is a major concern for the health of aquatic life in urban watersheds, especially in smaller, cold, and cool‐water streams. This is the first study of its kind that provides simple easy‐to‐use equations, developed using gene expression programming (GEP) that can guide the assessment and the design of urban stormwater management systems to protect thermally sensitive receiving streams. We developed 3 GEP models using data collected during 3 years (2009–2011) from 4 urban catchments; the first GEP model predicts event mean temperature at the inlet of the pond; the second model predicts the stormwater temperature at the outlet of the pond; and the third model predicts the temperature of the stormwater after flowing through a cooling trench and before discharging to the receiving stream. The new models have high correlation coefficients of 0.90–0.94 and low prediction uncertainty of less than 4% of the median value of the predicted runoff temperatures. Sensitivity analysis shows that climatic factors have the highest influence on the thermal enrichment followed by the catchment characteristics and the key design variables of the stormwater pond and the cooling trench. The general method presented here is easily transferable to other regions of the world (but not necessarily the exact equations developed here); also through sensitivity and parametric analysis, we gained insight on the key factors and their relative importance in modelling thermal enrichment of urban stromwater runoff.  相似文献   

多氯联苯(Aroclor 1242)胁迫下鲤鱼肝脏组织氧化应激   总被引：1，自引：0，他引：1  

王仁君  王建国  丁宁  孙萌  高配科 《海洋与湖沼》2018,49(6):1286-1293

本文在实验室条件下通过静态水质染毒方式在生理生化和转录水平上探究了我国重要经济鱼种鲤鱼(Cyprinus carpioio)对多氯联苯Aroclor 1242的氧化应激:鲤鱼肝脏组织抗氧化酶[超氧化物歧化酶(SuperoxideDismutase,SOD)和过氧化氢酶(Catalase,CAT)]活性、脂质过氧化产物丙二醛(Malonydialdehyde,MDA)含量、相关抗氧化酶编码基因(Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT)、应激蛋白HSP70、转录因子Nrf2和芳烃受体AhR2基因表达。结果表明:Aroclor 1242胁迫下,鲤鱼肝脏组织抗氧化酶活性表现出低浓度促进高浓度抑制的趋势;肝脏组织丙二醛含量显著升高,其中390μg/L暴露组鲤鱼肝脏组织MDA含量在第6d高于对照组92.1%(P0.01),表明肝脏组织发生脂质过氧化,膜系统受到损伤;鲤鱼肝脏组织中Cu/Zn-SOD、Mn-SOD、CAT、HSP70、Nrf2和AhR2编码基因表达出现不同程度下调。本文从酶学和基因转录水平上揭示了Aroclor1242胁迫下鲤鱼肝脏组织细胞的氧化应激。  相似文献   

苯并[a]芘(BaP)对褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)肝CYP1A1酶活性、基因表达及蛋白表达的影响     

孙文静  王晓艳  祁鹏志  张建设  吴常文 《海洋与湖沼》2018,49(4):897-903

为了了解苯并[a]芘(BaP)对鱼类细胞色素P4501A1(CYP1A1)表达的影响,以褐菖鲉(Sebasticus marmoratus)为实验材料,采用体内实验,研究其在经过不同浓度(0.1、1、10、20、50mg/kg鱼体重量)的BaP诱导后,鱼体肝脏研究CYP1A1基因表达的情况,筛选出后续时间-效应实验中BaP注射的最佳浓度,研究BaP诱导6h、12h、1d、3d、7d后(质量浓度为20mg/kg鱼体重量)鱼体肝脏CYP1A1酶活性、基因表达和蛋白表达的情况。结果表明:剂量-效应实验中,20mg/kg鱼体重量为最佳浓度,此浓度下,基因表达在各组中变化最显著。时间-效应实验中,较空白对照组而言,染毒6h、12h和1d后,EROD酶活性显著增加。3d后开始下降,与对照组相比变化不大,7d后酶活性又发生上调。半定量RT-PCR结果表明,各染毒组与对照组相比,CYP1A1基因表达量都发生了上调,呈现先上升后下降的趋势。其中,6h和12h组相对表达量极显著增加,1d后开始下降且与3d和7d组相比变化不明显。Western blot结果表明,蛋白表达量在染毒12h后表现出显著的诱导效应,随着时间的延长略有回落,但与对照组相比仍有显著性差异。研究表明:BaP对褐菖鲉CYP1A1具有较强的诱导作用。一定质量浓度的BaP注射于褐菖鲉不同的时间后,能诱导褐菖鲉活体EROD酶活性、CYP1A1基因m RNA表达及蛋白表达,并随着时间的延长呈现先诱导后抑制的趋势。这说明BaP作为诱导剂对CYP1A1酶活性和蛋白表达的作用机制可能与调控CYP1A1的转录水平有关。  相似文献